Okulumuz İlk olarak Köyceğiz Pratik Sanat Okulu adıyla 1978 yılında açılmıştır. 1989 yılında Su Ürünleri Bölümü açılarak Köyceğiz ilçe merkezi Köyceğiz Gölü kenarında Eğitim ve Öğretime başlamıştır.
1991 yılı Haziran ayında yeni okul binalarının yapımı yatırım programına alınmış ve binalarının inşaatına 1993 Mart ayında başlanmıştır. 1995 Mayıs ayında yeni okul binalarının yapımı tamamlanmış ve okulumuz yeni binasına taşınmıştır. Okulumuz aynı bahçe içinde bağımsız yedi ile şehir merkezindeki 2 binadan oluşmaktadır.
2003 yılında Köyceğiz Mesleki Eğitim Merkezi ile birleştirilen okulumuzun adı Köyceğiz Mesleki ve Teknik Eğitim Merkezi Müdürlüğü olarak değiştirilmiş ve 2007–2008 Eğitim-Öğretim yılına kadar METEM olarak hizmet vermiştir.
2006–2007 Eğitim-Öğretim yılında Modüler Sistem uygulamasının başlamasıyla birlikte Okulumuzdaki bölümlerin isimleri değiştirilerek alanlara dönüştürülmüş ve bazı bölümler birleştirilerek tek alan haline gelmiştir. Modüler Sistem Uygulamasının başlamasıyla okulumuzda Eğitim ve Öğretime devam eden Su Ürünleri Bölümü Denizcilik alanı içerisinde yer almıştır.
Yine 2007–2008 Eğitim-Öğretim yılından itibaren, Denizcilik alanında eğitim veren okullarda bu alanların Denizcilik Meslek Lisesine dönüştürülmesiyle okulumuz bünyesinde Denizcilik Meslek Lisesi açılmıştır. 2007–2008 Ocak dönemin de Denizcilik Alanı içerisin de Yat kaptanlığı dalı açılmış olup 2008–2009 Eğitim ve Öğretim yılın başından itibaren Yat Kaptanlığı Dalı Eğitim ve öğretime başlamıştır.
2011-2012 Eğitim-Öğretim yılında okulumuz Denizcilik Anadolu Meslek Lisesi olarak Mesleki ve Teknik Eğitim Merkezi bünyesinden ayrılmış ve bağımsız bir lise olarak faaliyetlerine devam etmektedir.
Mezun olan öğrencilerimiz yükseköğrenim yapmadan sektörde çalışmak isterlerse kurumumuzdan staj defteri alarak kendi bulacakları gemilerde açık deniz stajına çıkarlar. Stajları uygun bulunursa stajlarını tamamladıklarına dair yazı kurumumuzca verilir. Daha sonra idarenin açacağı sınavlara müracaat ederler. Bu sınavlar sonunda başarılı oldukları takdirde yeterlik belgesini alarak hayata atılmaktadırlar.
Meslekleri ile ilgili yükseköğrenime devam etmek isteyenler de ön lisans seviyesinde Meslek Yüksek Okullarına sınavsız, alanlarının devamı niteliğindeki ön lisans seviyesindeki Yüksek Okullara da ÖSS sınavları ile girerek öğrenimlerine devam edebilmektedirler. Ancak lisans seviyesinde fakültelere girişte ÖSYM tarafından ek puan verilmemektedir.